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1.1. La cellule, atome du vivant  Droits d'accès : non autorisé
Description : Bienvenue dans cette introduction conjointe aux notions fondamentales de génomique et d'algorithmique, autrement dit, de l'analyse informatique de l'information génétique, ce qu'on peut désigner de façon très synthétique par le terme un domaine scientifique qui est la bio informatique. Au cours de c ...
Date : 01-06-2015
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1.1. La cellule, atome du vivant
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1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes  Droits d'accès : non autorisé
Description : Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait cap ...
Date : 01-06-2015
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1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes
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1.2. Au c?ur de la cellule, la molécule d?ADN  Droits d'accès : non autorisé
Description : Au c?ur de chaque cellule se trouve donc la molécule d'ADN, flottant directement dans le cytoplasme dans le cas des cellules procaryotes, par exemple bactériennes, ou contenue dans le noyau des cellules eucaryotes. Que sait-on actuellement de cette molécule d'ADN ? C'est un long parcours là encore ...
Date : 01-06-2015
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1.2. Au c?ur de la cellule, la molécule d?ADN
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1.3. L?ADN code l?information génétique  Droits d'accès : non autorisé
Description : L'ADN, cette longue molécule, porte l'information génétique. Autrement dit, l'information qui est nécessaire à la cellule pour fonctionner et se reproduire. Regardons de plus près cette information génétique. Nous avons vu comment en lisant la séquence de nucléotides le long d'un brin de l'ADN, on p ...
Date : 01-06-2015
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1.3. L?ADN code l?information génétique
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1.4. Qu?est-ce qu?un algorithme ?  Droits d'accès : non autorisé
Description : Les génomes peuvent donc être vus comme une longue suite de lettres écrites dans l'alphabet : A, C, G et T. Comment interpréter ces textes ? Ça va être le sujet de la bio-informatique à l'aide d'algorithmes appropriés. Qu'entend-on par algorithme ? Un algorithme peut être vu comme une suite d'opér ...
Date : 01-06-2015
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1.4. Qu?est-ce qu?un algorithme ?
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1.5. Compter les nucléotides  Droits d'accès : non autorisé
Description : Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de caractères, encore une fois écrite dans cet alphabet de 4 lettres, et dont la fin est marquée par un caract ...
Date : 01-06-2015
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1.5. Compter les nucléotides
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1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences  Droits d'accès : non autorisé
Description : Les algorithmes qui travaillent sur les séquences génomiques, sur les textes génomiques, doivent produire des résultats interprétables et utiles aux biologistes. Nous allons voir que même sur l'algorithme très simple que nous avons construit de comptage de nucléotides, eh bien cet algorithme produit ...
Date : 01-06-2015
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1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences
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1.7. Promenade sur l?ADN  Droits d'accès : non autorisé
Description : Quand les biologistes se sont trouvés confrontés au premier texte génomique, dans la deuxième moitié des années 70, ils ont été quelque peu désemparés. On peut le comprendre. Encore une fois, regardez une petite portion d'un texte de génome bactérien ici. Suite de lettres - C, G, et cetera. - pas d' ...
Date : 01-06-2015
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1.7. Promenade sur l?ADN
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1.8. Changer l?échelle du chemin  Droits d'accès : non autorisé
Description : Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous av ...
Date : 01-06-2015
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1.8. Changer l?échelle du chemin
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1.9. Prédire l?origine de réplication  Droits d'accès : non autorisé
Description : Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous all ...
Date : 01-06-2015
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1.9. Prédire l?origine de réplication
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2.1. La séquence est-elle un bon modèle de l?ADN ?  Droits d'accès : non autorisé
Description : L'ADN porte l'information génétique, plus précisément l'ADN porte les gènes, c'est-à-dire les régions de cette molécule qui portent l'information utilisée par la cellule pour synthétiser les protéines. Durant cette partie, nous allons nous intéresser plus particulièrement aux gènes et aux protéines ...
Date : 01-06-2015
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2.1. La séquence est-elle un bon modèle de l?ADN ?
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2.10. Comment trouver les gènes ?  Droits d'accès : non autorisé
Description : L'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons. Par annotations, on entend quoi? On entend d'abord la prédiction des positions des gènes, où sont situ ...
Date : 01-06-2015
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2.10. Comment trouver les gènes ?
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