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Canal-u.fr
5.1. L?arbre des espèces
Description
:
Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, ...
Date
:
01-06-2015
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5.1. L?arbre des espèces
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5.2. L?arbre, objet abstrait
Description
:
Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui co ...
Date
:
01-06-2015
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5.2. L?arbre, objet abstrait
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5.3. Remplir un tableau de distances
Description
:
Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister à ...
Date
:
01-06-2015
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5.4. L?algorithme UPGMA
Description
:
L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous allo ...
Date
:
01-06-2015
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5.5. Quand les différences sont trompeuses
Description
:
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'u ...
Date
:
01-06-2015
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
Description
:
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces cla ...
Date
:
01-06-2015
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5.7. Les applications en microbiologie
Description
:
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en ...
Date
:
01-06-2015
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5.7. Les applications en microbiologie
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UNIT
Classer musiques, langues, images, textes et génomes
Description
:
Les algorithmes de compression de données permettent de classer automatiquement toutes sortes de fichiers. Ce « classement » est d?autant plus pertinent que ces algorithmes sont performants.
Date
:
28-11-2006
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Éclairer les origines de la COVID-19 à partir de l?analyse comparée des génomes viraux
Description
:
Déterminer les origines du SARS-CoV-2 est une des quêtes scientifiques parmi les plus fascinantes à l'heure actuelle. Habitué aux découvertes fracassantes de la physique (détection des ondes gravitationnelles, image d'un trou noir, boson de Higgs, etc.), le grand public n'a que rarement l'occasion d ...
Date
:
07-06-2022
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Évolution et phylogénie
Description
:
Comprendre l?évolution des organismes vivants reste un enjeu majeur de la biologie. L?étude de la transmission de l?information génétique bénéficie des apports de la théorie de l?information.
Date
:
18-02-2010
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Évolution et phylogénie
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UNIT
Faire l?inventaire du vivant : informatique et systématique
Description
:
2010 est l?année internationale de la biodiversité, c?est l?occasion de faire le point sur ce thème et ses liens avec l?informatique.
Date
:
12-03-2010
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Faire l?inventaire du vivant : informatique et systématique
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L?informatique dans les sciences de la vie
Description
:
Dans cet exposé François Rechenmann propose un rapide survol des méthodes algorithmiques utilisées au niveau de l'analyse du génome. On y découvre que l'informatique est à la fois un outil incontournable, puisque seules des méthodes algorithmiques automatiques issus de travaux sur le traitement auto ...
Date
:
10-06-2009
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L?informatique dans les sciences de la vie
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