URI http://ori.unit-c.fr/uid/unit-ori-wf-1-4329 Aspects sémantiques et algorithmiques du vivant fre La transposition des concepts informatiques de programmation et de vérification, à la modélisation et l'analyse des processus biochimiques au sein de la cellule, ouvre un nouveau champ de recherche pour la maîtrise de la complexité et la compréhension des phénomènes en biologie cellulaire. Tandis que la théorie de l'interprétation abstraite permet de relier par des relations d'abstraction les différents formalismes utilisés (Booléens, stochastiques, ODE), la théorie des graphes fournit une notion très générale de réduction de modèles qui permet de relier les modèles développés à différents niveaux de détails. Suivant ces principes, la machine abstraite biochimique (Biocham) est un environnement logiciel qui offre un langage de règles pour modéliser les grands systèmes d'interactions biomoléculaires, et un langage puissant fondé sur la logique temporelle pour formaliser les propriétés biologiques du système. En s'appuyant sur ces deux langages, il devient possible d'utiliser des techniques de vérification formelle et d'optimisation pour corriger ou compléter les modèles vis à vis de leur spécification. Au travers d'exemples de voies de signalisation dans la cellule, et de contrôle du cycle cellulaire, nous illustrerons cette approche ainsi que sa complémentarité avec des techniques plus classiques de modélisation mathématique. Modélisation biologie biologie de systèmes cycle cellulaire sémantique formelle sémantique des modèles logique temporelle algorithme évolutionnaire recherche paramètres programmation modèle réaction SBML fuscia LOMv1.0 atomic LOMv1.0 2 LOMv1.0 ensemble de données LOMv1.0 final LOMv1.0 author BEGIN:VCARD VERSION:3.0 N:Fagès;François;;; FN:François Fagès EMAIL;TYPE=INTERNET:Francois.Fages@inria.fr ORG:INRIA END:VCARD 2011-01-13 LOMv1.0 publisher BEGIN:VCARD VERSION:3.0 N:Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique;;;; FN:Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique EMAIL;TYPE=INTERNET: ORG:INRIA END:VCARD 2011-01-13 URI http://ori.unit-c.fr/uid/unit-ori-wf-1-4330 LOMv1.0 validator BEGIN:VCARD VERSION:3.0 N:sduranton;Sylvain Duranton;Sylvain Duranton;;; FN:Sylvain Duranton sduranton;Sylvain Duranton ORG:Mon université URL:http://www.univ.fr UID:sduranton EMAIL;TYPE=INTERNET: END:VCARD LOMv1.0 creator BEGIN:VCARD VERSION:3.0 N:Comte;Marie-Hélène;Marie-Hélène;;; FN:Marie-Hélène Comte;Marie-Hélène EMAIL;TYPE=INTERNET:marie-Hélène.comte@sophia.inria.fr ORG:Inria, Institut National de recherche en informatique et Automatique END:VCARD 2011-01-13 LOMv1.0 LOMFRv1.0 SupLOMFRv1.0 text/html application/pdf http://iww.inria.fr/colloquium/fr/francois-fages-aspects-semantiques-et-algorithmiques-du-vivant/ LOMv1.0 lecture LOMv1.0 learner LOMv1.0 teacher LOMv1.0 higher education 18 ans et + LOMv1.0 very difficult On peut conseiller cette ressource comme un "cours de recherche" de niveau master 2 par ex. pour des étudiants qui veulent decouvrir l'application des méthodes formelles et des techniques de validation par model-checking à un domaine particulier : la biologie moléculaire. fre LOMFRv1.0 apprendre LOMv1.0 no LOMv1.0 yes Document libre, dans le cadre de la licence Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/by-nd/2.0/fr/), citation de l'auteur obligatoire et interdiction de désassembler (paternité, pas de modification) LOMv1.0 ispartof URI http://www-sop.inria.fr/colloquium/collection.html Colloquium Jacques Morgenstern : Collection des séminaires Il s'agit plutôt d'un thème enseignement-recherche qui ne fait pas encore partie des cursus standard en biologie LOMv1.0 discipline Classification UNIT 2102 Biologie, biochimie, génétique Classification UNIT 1202 Fondamentaux et modèles mathématiques Classification UNIT 1305 Programmation : Algorithmique, langages, conception objet, programmes LOMv1.0 discipline CDD 22e éd. 570.151 Biomathematics CDD 22e éd. 518.1 Algorithmes CDD 22e éd. 511.8 Fondamentaux et modèles mathématiques