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<title><string language="fre"><![CDATA[Réduction de modèles de voies de signalisation intracellulaire]]></string></title>
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<string language="fre"><![CDATA[Les voies de signalisation intracellulaire sont des 
cascades d'interaction entre protéines, qui permettent à la cellule de 
recevoir des signaux, de les propager jusqu'à son noyau, puis de les 
intégrer, ce qui, in fine,  influe sur le comportement global de la 
cellule. Les protéines s'associent entre elles sur des sites de 
liaisons, puis modifient la structure spatiale de leurs voisines, ce qui
a pour effet de cacher ou de découvrir leurs autres sites de liaisons, 
et donc d'empêcher ou de faciliter d'autres interactions. De vastes 
bases de données ont été conçues pour répertorier les différentes 
interactions connues entre les sites des protéines. Cependant, nous ne 
savons toujours pas clairement comment les propriétés physiologiques de 
la cellule émergent de ces interactions.
 
La difficulté principale est la grande combinatoire de ces modèles. 
En effet, chaque protéine a beaucoup de sites de liaisons. Ainsi, un 
très grand nombre de complexes biomoléculaires différents peut se 
former. Pour décrire ces modèles, nous proposons d'utiliser des graphes 
pour la représentation des complexes biomoléculaires et des règles de 
réécritures pour la spécification des interactions entre les protéines. 
En particulier, ces règles sont contextuelles : elles décrivent 
non seulement les transformations sur les complexes biomoléculaires, 
mais aussi les conditions nécessaires à ces transformations. Ceci offre 
une représentation très compacte et pratique d'un modèle. Par ailleurs 
ces règles permettent de formaliser le comportement des modèles à 
différents niveaux d'abstraction (qualitatifs ou quantitatifs). 
Malheureusement, l'écueil de la complexité combinatoire refait surface 
lorsque l'on cherche à calculer de manière effective ce comportement.
Nous proposons une méthode pour réduire la taille des 
systèmes différentiels qui décrivent le comportement de ces modèles. 
 Nous utilisons une analyse du flot d'information entre les différents 
sites des complexes biomoléculaires. Ainsi, pour chaque site de liaison 
d'un complexe biomoléculaire, nous détectons quelles sont les parties de
ce complexe qui peuvent influencer la capacité de lier ou de délier ce 
site. Nous en déduisons des paires de sites dont on peut abstraire la 
relation entre l'état de liaison, car les ensembles de sites qu'ils 
peuvent influencer sont disjoints. Cela nous permet de découper les 
espèces biomoléculaires en plus petits morceaux (en séparant de telles 
paires de sites). Nous obtenons ainsi un système différentiel portant 
sur la concentration de ces morceaux de complexes biomoléculaires, qui 
sont beaucoup moins nombreux que les complexes biomoléculaires du 
système différentiel du modèle initial, et ce sans jamais avoir 
écrit explicitement ce système initial. Pourtant, notre méthode de 
réduction est exacte : nous avons la preuve que la solution du système 
obtenu, est la projection exacte de la solution du système initial.]]></string></description>
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© Inria Paris - Rocquencourt]]></string>
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